报关代理公司是专门为企业提供报关服务的机构，其收费方式一般分为两种：按照货物价值收费和按照服务时间收费。下面我们将详细介绍这两种收费方式及其优缺点。

一、按照货物价值收费

按照货物价值收费是指报关代理公司根据企业提供的货物清单、发票等资料计算出货物的价值，并以此为依据收取一定的代理费用。这种收费方式的优点在于简单明了，易于理解，而且可以根据货物的实际价值来确定代理费用，避免了因为其他因素而产生的不必要的纠纷。但是，这种收费方式的缺点也比较明显，主要表现在以下几个方面：

1. 不公平：由于按照货物价值收费的方式是根据货物的价值来确定代理费用的，因此对于一些高价值货物来说，代理费用可能会比较高，而对于一些低价值货物来说，代理费用则可能相对较低。这样一来，就会导致一些企业在选择报关代理公司时存在不公平的感觉。

2. 容易产生误解：由于按照货物价值收费的方式是根据货物的价值来确定代理费用的，因此在实际操作中很容易产生误解。比如说，如果企业提供的货物清单中包含了一些未被计算在内的物品，那么这些物品所产生的额外费用就会被认为是企业自己承担的，而不是由报关代理公司来承担。

二、按照服务时间收费

按照服务时间收费是指报关代理公司根据企业提供的货物清单、发票等资料所需要进行的服务时间来确定代理费用。这种收费方式的优点在于可以更好地反映出企业的实际情况，避免了一些不必要的误解和纠纷。同时，这种收费方式还可以根据不同的服务时间来调整代理费用，从而更好地满足企业的需求。但是，这种收费方式的缺点也比较明显，主要表现在以下几个方面：

1. 不透明：由于按照服务时间收费的方式是根据企业所需要的服务时间来确定代理费用的，因此在实际操作中很容易出现不透明的情况。比如说，如果企业需要进行多次报关服务，那么每次报关所需的服务时间可能会有所不同，但是代理费用却是固定的，这样就会导致企业在实际操作中存在一定的困惑和不透明感。

2. 难以控制：由于按照服务时间收费的方式是根据企业所需要的服务时间来确定代理费用的，因此在实际操作中很难对代理费用进行有效的控制。比如说，如果企业需要进行紧急报关服务，那么即使代理费用已经确定好了，但是由于各种原因导致实际操作时间延长了，那么最终的代理费用也可能会发生变化。